Situs ini berupa pantai terjal yang disusun oleh batu gamping formasi Wonosari. Pantai Sembukan memiliki panorama yang sangat indah. Terdapat singkapan batu pasir, letaknya berada di bawah batu gamping yang permukaannya berongga. Dinding terjal yang membatasi pantai merupakan gawir patahan turun yang membujur dari barat ke timur. Bongkah bagian selatan amblas di bawah permukaan laut. Gejala pengangkatan akibat tektonik menyingkapkan endapan beach-rocks, yang disusun oleh lapisan pasir berukuran kasar dan batuan konglomerat. Terdapat bongkahan koral, yang diangkut dari dasar laut oleh ombak besar. Endapan yang terangkat hingga setinggi sekitar 50 cm dari permukaan laut rata-rata ini sedikit miring ke arah laut